พระพุทธศาสนาเข้าสู่ประเทศเนปาลโดยผ่านทางประเทศอินเดีย แต่เดิมนั้นประเทศเนปาลเป็นส่วนหนึ่งของประเทศอินเดีย สถานที่ประสูติของพระพุทธเจ้า คือ สวนลุมพินีอยู่ในเขตประเทศเนปาลปัจจุบัน ในสมัยพุทธกาลพระพุทธเจ้าเคยเสด็จไปโปรดพระญาติที่กรุงกบิลพัสดุ์ และทรงห้ามพระญาติฝ่ายศากยะกับฝ่ายโกลิยะวิวาทกัน เรื่องการผันน้ำเข้านา ซึ่งหมายความว่าเคยเสด็จในเขตประเทศเนปาลปัจจุบัน หลังพระพุทธเจ้าปรินิพพานพระอานนท์ได้เผยแผ่พระพุทธศาสนาในบริเวณนั้น แสดงว่าชาวเนปาลส่วนหนึ่งนับถือพระพุทธศาสนามานานแต่ครั้งพุทธกาลแล้ว ในสมัยพระเจ้าอโศกมหาราชได้พระราชทานพระราชธิดาพระนามว่า จารุมตี ให้แก่ขุนนางใหญ่ชาวเนปาล พระเจ้าอโศกและเจ้าหญิงจารุมตีได้ทรงสร้างวัดและเจดีย์หลายแห่ง ซึ่งยังคงปรากฏอยู่ที่นครกาฐมาณฑุในปัจจุบัน ในสมัยที่ชาวมุสลิมเข้ารุกรานแคว้นพิหาร และเบงกอล ในประเทศอินเดีย พระภิกษุจากอินเดียต้องหลบหนีภัยเข้าไปอาศัยในเนปาล ซึ่งภิกษุเหล่านั้นก็ได้นำคัมภีร์อันมีค่ามากมายไปด้วย และมีการเก็บรักษาไว้เป็นอย่างดีจนถึงทุกวันนนี้ และเมื่อมหาวิทยาลัยนาลันทา (ในประเทศอินเดีย) ถูกทำลายซึ่งทำให้พระพุทธศาสนาเสื่อมสูญไปจากประเทศอินเดียแล้ว ก็ส่งผลให้พระพุทธศาสนาในประเทศเนปาลพลอยเสื่อมลงด้วย คุณลักษณะพิเศษที่เป็นเครื่องหมายประจำพระพุทธศาสนา เช่น ชีวิตพระสงฆ์ในวัดวาอาราม การต่อต้านการถือวรรณะ การปลดเปลื้องความเชื่อไสยศาสตร์ต่างๆ เป็นต้นก็เลือนหายไป พระพุทธศาสนาในประเทศเนปาลในยุคแรก เป็นพระพุทธศาสนาแบบดั้งเดิมหรือแบบเถรวาทต่อมาเถรวาทเสื่อมสูญไป เนปาลได้กลายเป็นศูนย์กลางของพระพุทธศาสนามหายานนิกายตันตระ ซึ่งใช้คาถาอาคมและพิธีกรรมแบบไสยศาสตร์ นอกจากนี้ได้มีนิกายพุทธปรัชญาสำนักใหญ่ๆ เกิดขึ้นอีก ๔ นิกาย คือ สวาภาวิภะ ไอศวริกะ การมิกะ และยาตริกะ ซึ่งแต่ละนิกายก็ยังแยกเป็นอีกหลายสาขา แต่นิกายต่างๆเหล่านี้ แสดงให้เห็นถึงการผสมผสานเข้าด้วยกันของความคิดทางปรัชญาหลายๆหย่าง เท่าที่เกิดขึ้นตามอิทธิพลของพระพุทธศาสนา