การปกครองของคณะสงฆ์ภูฏาน แบ่งออกเป็น 5 ชั้นปกครอง คือ 1.เจเคนโป เป็นชั้นปกครองสูงสุด สมเด็จพระสงฆราช ชั้นสูงสุดนี้ห่มผ้าได้ทุกสี ชั้นสูงสุดนี้พระมหากษัตริย์จะสถาปนาในสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ของอาณาจักร และศาสนจักร ชาวภูฏานเรียกว่า พูนาคาซอง 2.เคนโป เป็นชั้นรองมาจากสังฆราช หรือเรียกอีกอย่างหนึ่งคือ รินโปเชผู้อวตารมาเกิด ห่มผ้าปนทุกสี 3.ลามะ เป็นชั้นรองจากเคนโป เป็นอาจารย์ที่ทรงความรู้ ห่มผ้าสีเหลืองปนแดง 4.โลแพน เป็นชั้นรองลงมาจากลามะ เป็นพระที่มความรู้บ้างแล้ว ห่มผ้าสีเหลือง 5.เกลอง เป็นชั้นรองลงมาจากโลแพน เป็นชั้นสามัญ แต่ก็มีเกลองชั้น ตรี โท เอก ด้วย เกลองนี้ ห่มผ้าสีแดง วิธีเลื่อนชั้นนี้ก็จะทำการสอบคัดเลือก แม้การปกครองทางอาณาจักรจะเหมือนกับทิเบตในช่วงแรก จากนั้นมาก็มีการแยกปกครองทั้งฝ่ายพุทธจักร และอาณาจักร แต่ลามะก็มีที่นั้งในสภา 10 ที่นั่ง ทำให้ลามะมีบทบาทในการปกครองประเทศ