ช่วง พ.ศ. 1200 พระเจ้าจักกยาลโป สู้รบกับพระเจ้านวเช ทางตอนใต้ของภูฏาน ทำให้พระโอรสของพระเจ้าจักกยาลโปสิ้นพระชนม์ในสนามรบ พระองค์จึงเลิกบูชาสิ่งศักดิ์สิทธิ์ เพราะไม่ช่วยชีวิตพระโอรสของพระองค์ไว้ จากนั้นพระองค์ก็ประชวร เนื่องจากหัวหน้าภูติผีปีศาจจับวิญญาณของพระองค์ไว้ พระปัทมสัมภวะ ได้เดินทางมาจากเนปาลเพื่อช่วยปราบผีให้ โดยท่านขอ "ซุงมา" หรือตันตระเทวี ช่วยเหลือท่านในการปราบผี พระเจ้าจักกยาลโปจึงได้พระราชทานพระธิดาผู้มีลักษณะแห่ง "ฑากิณี" 21 ประการ จากนั้นท่านปัทมสัภวะจึงนำนางไปยังวัชรคูหา เพื่อทำพิธี 21 วัน ต่อมานางก็ได้ชื่อว่า "มาซิกพุมเดน" คือพระแม่องค์เดียวที่สามารถจะช่วยท่านบำเพ็ญศาสนกิจได้เป็นอย่างดี ดังนั้นพุทธศาสนาในภูฏาน จึงเป็นวัชรยาน เนื่องจากได้รับจากทิเบตโดยตรง เมื่อเสร็จพิธีแล้ว พระเจ้าจักกยาลโปก็หายจากอาการพระประชวร จึงนิมนต์ให้ท่านปัทมสัมภวะพำนักที่เมืองพุมธัง และปวารณาทุกอย่างที่ท่านต้องการ แต่ท่านปฏิเสธ ด้วยเหตุผลว่าอยู่ประจำไม่ได้ เพราะโลกทั้งโลกเป็นที่อยู่ของท่าน ก่อนจากก็ให้กษัตริย์ทั้งสองฝ่ายประนีประนอมกันด้วยอำนาจตันตระ แล้วให้รับพุทธศาสนาเป็นศาสนาประจำชาติ จากนั้นท่านก็ได้จาริกในภูฏาน 20 แห่ง ประทับรอยบาทไว้เป็นปูชนียสถานของประเทศ ท่านปัทมสัมภวะเผยแผ่ด้วยการต่อสู้กับปีศาจร้ายจนตายหมด ที่เหลือก็เป็น "ธรรมบาล 8 ตน" ซึ่งนับถือพระพุทธศาสนาแล้วปกป้องคุ้มครองศาสนาด้วย พุทธศาสนาตันตรยานมีความเชื่อพื้นฐานเหมือนกับพุทธศาสนานิกายอื่น คือเชื่อว่า กรรมในอดีตชาติเป็นตัวกำหนดชาติภพและชีวิตในปัจจุบัน และเป็นปัจจัยที่ผลักดันให้สรรพชีวิตต้องเวียนว่ายตายเกิดเรื่อยไปไม่มีที่สิ้นสุด บุคคลจึงควรทุ่มเทความพยายามมุ่งไปให้ถึงพระนิพพานซึ่งจะช่วยปลดปล่อยตนให้พ้นจากสังสารวัฏและกิเลสกองทุกข์ทั้งปวงได้ การหลุดพ้นจากทุกข์ทั้งปวงเป็นต้นกำเนิดของแนวคิดเรื่องสุญญตาหรือความว่าง ซึ่งเป็นสภาวะที่ไม่มีความแตกต่างระหว่างการมีอยู่หรือมไม่มีอยู่ซึ่งตัวตน เพราะความจริงแล้วสรรพสิ่งในโลกแห่งผัสสะล้วนแล้วแต่ไม่จีรั่งยั่งยืน และเป็นจริงในขั้นสมมุติสัจจจะเท่านั้น แม้มายาภาพที่บังเกิดจะทำให้มนุษย์ยึดติด แต่โดยเนื้อแท้แล้วหามีตัวตนอยู่ในความจิรงขั้นปรมัตถ์ไม่ กระนั้น พุทธศาสนาสายมหายานและสายตันตรยานก็ยอมรับนับถือเทพเจ้าและเหล่าพระโพธิสัตว์ โดยเชื่อมั่นว่า ท่านเหล่านี้เป็นผู้บรรลุธรรมแล้ว แต่ยังไม่ยอมก้าวล่วงเข้าสู่พระนิพพาน โดยยินดีที่จะเวียนว่ายอยู่ในห้วงสังขารวัฏนี้ต่อไปจนกว่าจะช่วยเหลือสรรพสัตว์ทั้งหลายให้พ้นห้วงทุกข์ไปได้ทั้งหมดก่อน สามสัญลักษณ์หมู่ศาสนาในภูฏาน สิ่งที่ชาวภูกานถือเป็นสัญลักษณืแห่งความมงคล 8 ประการ ของชีวิตตามความเชื่อและความศรัทธา ซึ่งสิ่งเหล่านี้มักจะปรากฎเป็นรูปเคารพตามโบราณสถาน ตลอดจนในบ้านเรือง มีดังนี้

1. กลสะ หรือ แจกันสมบัติ (Treasure Vase หรือ bumpa) เป็นที่บรรจุหรือเก็บสมบัติ หมายถึง พระธรรมคำสอนทางพุทธศาสนา อันนับเป็น “อริยทรัพย์” สำหรับชาวพุทธทั้งปวง รูปร่างแจกันเป็นภูฏานคล้ายกับหม้อน้ำ (ปุณณฆฏะ คือ หม้อเต็มด้วยน้ำ) ซึ่งถือเป็นมงคล 1 ใน 108 อย่าง ชาวศรีลังกาจะนิยมถือปุณณฆฏะนี้เดินเวียนต้นโพธิ์ หรือ โบสถ์วิหาร แทนดอกไม้ธูปเทียน

2. ปมอนันตะ หรือ ลายประแจจีน (Endless Knot หรือ pay-yap, drami) คล้ายกับ เฉลว ของไทย ลักษณะเป็นเส้นตอกเอามาขัดกัน หรือเขียนบนผืนผ้าก็ได้ เป็นสัญลักษณ์แทนความรักอันบริสุทธิ์ไม่มีที่สิ้นสุด เส้นตอกที่ขัดกันนั้นเป็นระเบียบสวยงาม ประดุจความรักที่บริสุทธิ์ ย่อมทำให้ชีวิตสวยงาม แต่ถ้าขัดกันไม่เป็นระบบระเบียบ ชีวิตรักก็จะยุ่งเหยิง

3. ธวัช หรือ ธงชัย (Victorious Banner หรือ gyaltshen) เป็นเครื่องหมายแห่งชัยชนะของพระพุทธศาสนาต่อความชั่วร้ายและผีสางทั้งปวง ธงชัยเป็นการประกาศชัยชนะในการเข้ามาของพระพุทธศาสนา ณ ภูมิภาคแถบนี้ ที่ต้องต่อสู้เอาชนะภูติผีปิศาจจำนวนมาก จนสามารถกลับใจปิศาจเหล่านั้นให้หันมายอมรับนับถือและรับใช้พระพุทธศาสนาได้

4. ธรรมจักร หรือ กงล้อธรรม (Wheel of law หรือ khorlo) สัญลักษณ์สากลของชาวพุทธทุกนิกาย ธรรมจักร หมายถึง หลักคำสอนของพุทธศาสนาและเป็นคำสอนที่ “ไม่หยุดนิ่ง” คำว่าไม่หยุดนิ่งนี้ อาจหมายถึงการเคลื่อนไหว หรือปรับตัวให้ทันยุคสมัย และเหมาะแก่ท้องถิ่น เพราะเหตุดังนี้ ศาสนาพุทธในทิเบตและภูฏานจึงมีการปรับให้เหมาะสมกับลัทธิความเชื่อและวัฒนธรรมของท้องถิ่นอย่างที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน

5. ฉัตรทองคำ (Golden Parasol) หรือ ser dhug ซึ่งเปรียบว่า ใช้บังแดด พระพุทธศาสนาเป็นเสมือนฉัตรทองที่ปิดกั้นภยันตรายแก่ผู้ที่นับถือและปฏิบัติตามพระธรรมคำสั่งสอนของพระพุทธศาสนา

6. มัสยา หรือ ปลาทอง (Golden Fish หรือ serge nya) ชาวภูฏานมีความเชื่อว่า ปลาเป็นสัตว์ที่ลืมตาอยู่เสมอทั้งที่อยู่ในน้ำ ตาทั้งสองข้างที่เปิดกว้าง ช่วยให้สามารถมองเห็นอุปสรรคและสิ่งที่กีดขวางทั้งหลายทั้งปวง ตาหนึ่งคือ สติ (ความระลึกได้ ความยับยั้งชั่งใจได้) อีกตาหนึ่งคือสัมปชัญญะ (ความรู้ตัว พร้อมปัญญารู้ทันปรากฎการณ์) เป็นการระมัดระวังมิให้ความชั่วที่ยังไม่เกิดได้เกิดขึ้น และเพื่อละเว้นความชั่วที่เผลอทำลงไป

7. สังข์ขาว (White Conch หรือ dung kar) สังข์ที่ขัดจนขาวแล้ว เป็นเครื่องหมายแทนพระธรรมอันบริสุทธิ์ สังข์เป็นสัญลักษณ์ของการเผยแพร่หรือโฆษณา สังข์ขาวจึงเป็นเสมือนการประกาศพระศาสนา

8. ปัทมะ หรือ ดอกบัว (Lotus หรือ meto pema) ดอกบัวมีความหมายเหมือนสังข์ขาว ดอกบัวถือเป็นตัวแทนพระพุทธเจ้า ดังพุทธวัจนะที่ว่า “ดอกบัวเกิดแต่โคลนตมในนน้ำ แต่ไม่เปียกน้ำ พระพุทธเจ้าก็เช่นกัน เกิดในโลก แต่ไม่เปรอะเปื้อนด้วยมลทินของโลกฉันนั้น”