ยุคทะไลลามะครองอำนาจ
ในยุคของโลซัง กยัตโส ทะไลลามะองค์ที่ 5 (พ.ศ. 2158-2223 ชาวมองโกลในทิเบตไม่มีเอกภาพ ทำให้เจ้าเมืองซังอัน ซึ่งเป็นแคว้นหนึ่งของทิเบตชิงบัลลังก์ลาซาไปได้ ทะไลลามะองค์นี้ซึ่งมีมองโกลสนับสนุน จึงขอความช่วยเหลือไปยัง กุชรีข่าน ผู้นำมองโกลให้มายึดอำนาจคืนสำเร็จ และมอบอำนาจการปกครองทิเบตทั้งหมด คือฝ่ายอาณาจักร และศาสนจักรให้แก่ทะไลลามะ และเป็นครั้งแรกที่ทะไลลามะได้อำนาจสูงสุดทั้งหมด จากนั้นท่านก็ได้ย้ายที่ประทับที่พระราชวังโปตาลา นครลาซา ชาวทิเบตมีความเชื่อว่าทะไลลามะเป็นอวตารของพระอวโลกิเตศวรพระโพธิสัตว์ผู้กรุณา และเชื่อว่าปันเชนลามะ ผู้มีอำนาจรองจากทะไลลามะเป็นอวตารของพระอมิตาภะ แต่ทะไลลามะนั่งสมาธิแบบเนียงมา พลอยทำให้นิกายเนียงมาเจริญไปด้วย แต่นิกายโจนังหลังจากท่านตารนาถ ซึ่งเป็นนักประวัติศาสตร์มีชื่อเสียงแล้วถูกยึดวัดทั้งหมด ถือว่านิกายเกลุกพัฒนารุ่งเรืองตามคำสอนของพระนาครชุน พระอสังคะ เป็นต้น แม้ลัทธิบอนก็ยังนำไปพัฒนาตนเองของตนเอง จนทะไลลามะสวรรคต ชาวทิเบตจึงถวายพระนามว่า "มหาปัญจะ" เพื่อแสดงความยิ่งใหญ่ของพระองค์ แม้พระองค์จะเสด็จสวรรคตแล้วยังมีผู้อ้างว่าทะไลลามะเสด็จเข้าสมาธิระยะยาว แล้วสำเร็จราชการแทนพระองค์ โดยปิดข่าวการสวรรคตนานถึง 13 ปี เพื่องานฟื้นฟูวังโปตาลาต่อไป จากนั้นมีการแต่งตั้งทะไลลามะองค์ที่ 6 แต่พระองค์โปรดการแต่งกวี และสนใจผู้หญิง ไม่สนใจบริหารประเทศ จึงถูกเนรเทศไปจีนแต่สิ้นพระชนม์ระหว่างทาง