ยุคมองโกล
ใน พ.ศ. 2089-2130 มีกษัตริย์มองโกลนามว่า อัลตัลข่าน ได้พบกับประมุขสงฆ์ของนิกายเกลุกที่ชื่อว่า สอดนัมยาโส แล้วเลื่อมใส เนื่องจากท่านสืบเชื้อสายมาจากนิกายสักยะ และพักโมดรุ ซึ่งเป็นตระกูลที่มีอิทธิพลในทิเบต มีการดัดแปลงวัดที่นิกายอื่นอ่อนแอในการปกครอง และทิ้งให้ร้างให้เป็นวัดนิกายเกลุก (หมวกเหลือง) นิกายนี้เรียบง่าย เคร่งครัดในพระธรรมวินัย ไม่ยุ่งเกี่ยวกับการเมือง ชาวบ้านจึงนิยมมาก อีกอย่างหนึ่งกษัตริย์มองโกลทรงเชื่อว่าประมุขสงฆ์นี้เคยเป็นอาจารย์ของพระองค์ในชาติก่อน เมื่อพระองค์เสวยพระชาติเป็นกุบไลข่าน จึงถวายตำแหน่ง "ทะเล" แต่ทิเบตออกเสียงเป็น "ทะไล" (Dalai) ในความหมายของไทยก็คือทะเลเช่นกัน(คำว่าทะไลลามะ "ทะไล" เป็นภาษามองโกลแปลว่า ทะเล หรือ กว้างใหญ่ "ลามะ" หมายถึง พระหรือคฤหัสถ์ที่มีความรู้ความชำนาญ แต่ชาวทิเบตนิยมใช้คำว่า "คยาวา ริมโปเช" คือ ชัยรัตนะ) นับว่าเป็นต้นกำเนิดทะไลลามะครั้งแรก และท่านสอดนัมวังยาโสก็ได้ถวายตำแหน่ง "ธรรมราชาทรงความบริสุทธิ์" แก่อัลตันข่านเป็นการตอบแทน ท่านสอดนัมวังยาโสถือว่าตนเองเป็นทะไลลามะองค์ที่ 3 เพราะท่านได้ถวายตำแหน่งย้อนขึ้นไปแก่อวตารในสองชาติแรกของท่านด้วย ในขณะที่ท่านมีพระชนม์ชีพท่านได้สร้างวัดพระพุทธรูปหนึ่งพันองค์ ได้เผยแผ่พระศาสนาสู่มองโกเลีย และทิเบตตะวันออกซึ่งเคยเป็นดินแดนอิทธิพลของลัทธิบอน จนท่านได้ตำแหน่งพิเศษจากราชวงศ์หมิงของจีน ถึงยุคทะไลลามะองค์ที่ 4 นิกายหมวกเหลืองก็ยังเจริญรุ่งเรืองเพราะมีทหารมองโกลหนุนหลังอยู่