ในราวศตวรรษที่ 8 รัชสมัยพระเจ้าจักกยาลโป เหล่าเสนาอำมาตย์ได้นิมนต์คุรุปัทมสัมภวะ(ผู้เชี่ยวชาญเรื่องตันตระและไสยศาสตร์จากมหาวิทยาลัยนาลันทา) มาช่วยรักษาพระเจ้าจักกยาลโปที่ทรงประชวร พระองค์นิมนต์คุรุปัทมสัมภวะให้อยู่ที่เมืองพุมธังแต่ท่านปฏิเสธ และขอให้รับพระพุทธศาสนาเป็นศาสนาประจำชาติพระพุทธศาสนาจึงได้ประดิษฐานมั่นคงในภูฏานมาตั้งแต่นั้นมา
ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 1796ลามะปาโชหรือดรุกอมชิงโป(พระลามะจากทิเบต)ได้เดินทางมายังภูฏานและได้ตั้งนิกายดรุกปะกัคยุ ล่วงมาถึงศตวรรษที่ 17 ท่านซับดรุง นะวัง นัมกเยล(ผู้นำลัทธิดรุกปะกัคยุ)ได้รวบรวมเมืองน้อยใหญ่จนเป็นปึกแผ่นจนได้ฉายาว่าซับดรุง (หมายความว่าผู้ที่ทุกคนต้องยอมสิโรราบให้) ท่านได้สร้างสถานที่สำคัญไว้หลายแห่ง เช่น พูนาคาซอง(สถานที่ประกอบพิธีสถาปนาสังฆราช)
ภูฏานเป็นเพียงประเทศเดียวในโลกที่ยอมรับนับถือพระพุทธศาสนานิกายมหายานแบบตันตระหรือวัชรยาน เป็นศาสนาประจำชาติอย่างเป็นทางการนิกายตันตรยานถือกำเนิดขึ้นในช่วงสุดท้ายของพัฒนาการอันยาวนานของพระพุทธศาสนา ซึ่งตันตรยาน (มาจากภาษาอินเดีย) เป็นชื่อคัมภีร์ลึกลับ และปรากฏขึ้นในราวช่วงศตวรรษที่ 3-10พระพุทธศาสนาตันตรยานสูญหายไปจากอินเดียซึ่งเป็นดินแดนต้นกำเนิดในช่วงที่มุสลิมยกมารุกรานในต้นศตวรรษที่ 13 แล้วไปรุ่งเรืองอยู่ในทิเบตมองโกเลีย ภาคเหนือของ เนปาล ภูฏาน จีน และ ญี่ปุ่น
พระพุทธศาสนานิกายวัชรยานได้ซึมซับและหล่อหลอมเข้าเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันกับวัฒนธรรมและวิถีชีวิตของชาวภูฏานอย่างลึกซึ้งชาวภูฏานนิยมบริจาคมากจนบางครั้งกลายเป็นหนี้สิน จนรัฐบาลต้องออกกฎหมายควบคุมการบริจาค