ในสมัยพุทธกาลประเทศเนปาลเป็นส่วนหนึ่งของประเทศอินเดียสถานที่ประสูติของพระพุทธเจ้าคือ สวนลุมพินีก็อยู่ในเขตประเทศเนปาลปัจจุบันหลังจากที่พระพุทธเจ้าตรัสรู้แล้วก็ได้เสด็จไปโปรดพระญาติที่กรุงกบิลพัสดุ์เมื่อพระพุทธเจ้าปรินิพพาน พระอานนท์ได้ไปเผยแผ่พระพุทธศาสนาในบริเวณนั้น แสดงว่าชาวเนปาลส่วนหนึ่งนับถือพระพุทธศาสนามาแต่ครั้งพุทธกาลแล้ว
สมัยพระเจ้าอโศกมหาราชได้ทรงสร้างวัดและเจดีย์หลายแห่งในเนปาลซึ่งยังคงปรากฏอยู่ที่นครกาฐมาณฑุในปัจจุบัน และในสมัยที่ชาวมุสลิมเข้ารุกรานประเทศอินเดียพระภิกษุจากอินเดียได้หลบหนีเข้าไป อาศัยในเนปาลและได้นำคัมภีร์อันมีค่าไปด้วยซึ่งมีการเก็บรักษาเป็นอย่างดีจนถึงทุกวันนี้หลังจากที่พระพุทธศาสนาเสื่อมสูญไปจากประเทศอินเดียแล้ว พระพุทธศาสนาในประเทศเนปาลก็พลอยเสื่อมลงด้วย
แม้บางช่วงบางตอน พระพุทธศาสนาเกือบสูญหายไปจากประเทศเนปาลแต่ก็มีบุคคลที่มีความตั้งใจจริงในการกอบกู้พระพุทธศาสนาเพื่อให้พระพุทธศาสนาคงอยู่ในประเทศที่ได้ชื่อว่าเป็นดินแดนประสูติของพระพุทธเจ้าบุคคลที่เป็นกำลังสำคัญคือ คณะธรรมทูตเนปาล
ใน พ.ศ. 2487ได้มีการขับไล่ภิกษุและพุทธศาสนิกชนออกจากเนปาลชาวพุทธในเนปาลได้ร่วมประชุมกันจัดตั้งธรรมโมทัยสภาขึ้นด้วยจุดประสงค์ ที่จะธำรงไว้ซึ่งสวัสดิภาพของพระพุทธศาสนาในเนปาล และใน พ.ศ. 2489 คณะธรรมทูตจากประเทศศรีลังกา เดินทางมาเข้าพบมหาราชแห่งเนปาลได้มีการเจรจาให้คณะภิกษุที่ถูกเนรเทศกลับคืนมา ท่านนารทมหาเถระ ได้เดินทางมาเนปาลพร้อมกับอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุส่วนหนึ่งมาบรรจุไว้ในเจดีย์มหาราชแห่งเนปาล ได้แสดงเมตตาจิตต่อคณะเผยแผ่พระพุทธศาสนา จึงประกาศเป็นทางการให้วันวิสาขปุรณมีเป็นวันหยุดงานของชาวพุทธทั่วแคว้นเนปาล และเปิดห้องสมุดพระพุทธศาสนาขึ้นในคราวเดียวกันนอกจากนี้ยังมีวัดไทยกิรติภิวันที่มีความสำคัญและสวยงามที่สุดของเมืองกิรติปูร์(อยู่ใความอุปถัมภ์ของสมเด็จพระสังฆราชของประเทศไทยองค์ปัจจุบัน)