พระพุทธศาสนาเข้าสู่ประเทศญี่ปุ่นโดยผ่านเกาหลี ในหนังสือประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นชื่อ นิฮอนโกชิ ได้บันทึกไว้ว่า วันที่ ๑๒ ตุลาคม พ.ศ.๑๐๙๕ เป็นปีที่ ๑๓ ในรัชกาลพระเจ้ากิมเมจิ จักรพรรดิองค์ที่ ๑๙ ของญี่ปุ่น พระพุทธศาสนาได้เข้าสู่ญี่ปุ่น โดยพระเจ้าเซมาโว แห่งเกาหลี ส่งราชทูตไปยังราชสำนักพระเจ้ากิมเมจิ พร้อมด้วยพระพุทธรูป ธง คัมภีร์พุทธธรรมและพระราชสาสน์แสดงพระราชประสงค์ที่จะขอให้พระเจ้ากิมเมจิรับนับถือพระพุทธศาสนา พระเจ้ากิมเมจิทรงรับด้วยความพอพระทัย นี้เป็นการเริ่มต้นของพระพุทธศาสนาในญี่ปุ่น
พระพุทธศาสนาได้เจริญขึ้นในประเทศญี่ปุ่นในสมัยพระจักรพรรดิกิมเมจิเป็นอย่างมาก แต่ภายหลังที่พระองค์สิ้นพระชนม์แล้ว พระจักรพรรดิองค์ต่อๆ มาก็มิได้ใส่พระทัยในพระพุทธศาสนาปล่อยให้พระพุทธศาสนาเสื่อมโทรมลง จนถึงสมัยจักรพรรดินีซุยโก ได้สถาปนาเจ้าชายโชโตกุ เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน เมื่อ พ.ศ. ๑๑๓๕ เจ้าชายพระองค์นี้เองที่ได้วางรากฐานการปกครองประเทศญี่ปุ่น และสร้างสรรค์วัฒนะธรรมพร้อมทรงเชิดชูพระพุทธศาสนา และในวันที่ ๑ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๑๑๓๗ พระองค์ได้ประกาศพระราชโองการเชิดชูพระรัตนตรัย อันเป็นพระราชโองการพระจักรพรรดิที่ยกย่องพระพุทธศาสนา
พระพุทธศาสนาได้เจริญรุ่งเรืองอย่างมั่นคงในญี่ปุ่น ต่างแข่งขันกันสร้างวัดในพระพุทธศาสนา และสำนักปฏิบัติธรรมเป็นอันมาก ยุคสมัยนี้ได้ชื่อว่า ยุคโฮโก คือ ยุคที่สัทธรรมไพโรจน์ เจ้าชายโชโตกุได้ทรงได้ทรงประกาศธรรมนูญ ๑๗ มาตรา ซึ่งเป็นธรรมนูญที่ประกาศหลักสามัคคีธรรมของสังคม องค์ประดิษฐานไว้เป็นอนุสรณ์ที่วัดโฮริวจิ ด้วยการเคารพเชื่อถือพระรัตนตรัย นอกจากนี้ยังทรงแสดงพระธรรมเทศนาซึ่งถือว่าเป็นการเริ่มต้นการแสดงเทศนาเกี่ยวกับพระสูตรในประเทศญี่ปุ่น และอรรถกถาต่างๆ เข้าสู่ประเทศญี่ปุ่น แม้ตัวเจ้าชายเองก็ได้ทรงแต่งคัมภีร์อรรถกถาของพระองค์ด้วย เจ้าชายโชโตกุสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ.๑๑๖๕ บรรดาประชาชนทั้งปวงมีความเศร้าโศกเป็นอันมาก จึงได้ร่วมกันสร้างพระพุทธรูปขนาดเท่าองค์เจ้าชายโชโตกุขึ้น ๑ องค์
หลังจากนั้นมาพระพุทธศาสนาก็ถูกแบ่งออกเป็นหลายนิกาย พระพุทธศาสนาหยุดชะงักความเจริญก้าวหน้ามาตลอด เพราะนโยบายการปกครองประเทศบีบบังคับทางอ้อมจนถึงยุคเมอิจิ พระพุทธศาสนาก็ยิ่งเสื่อมลงไปอีก ลัทธิชินโตได้รับความนิยมนับถือแทนพระพุทธศาสนา
พระพุทธศาสนาถูกยกเลิกไปจากราชสำนักของพระจักรพรรดิ มีนโยบายล้มล้างพระพุทธศาสนา นอกจากนั้นศาสนาคริสต์ก็เริ่มเผยแผ่พร้อมกับวัฒนะธรรมตะวันตกหลั่งไหลเข้ามาในญี่ปุ่น เมื่อการศึกษาเจริญมากขึ้นพระพุทธศาสนาถูกยกขึ้นมาในแง่ของวิชาการ พระสงฆ์เริ่มงานการศึกษาและวิจัยอย่างจริงจังกว้างขวางตามวิธีสมัยใหม่ ส่วนหน้าที่ในการประกอบพิธีกรรมอันศักดิ์สิทธิ์นั้น พระสงฆ์แต่ละนิกายก็ยังคงจัดพิธีกรรมเป็นประเพณีตามนิกายของตน
พระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นในปัจจุบัน ในปัจจุบันชาวญี่ปุ่นนับถือพระพุทธศาสนาควบคู่ไปกับศาสนาชินโตพระพุทธศาสนาแบ่งออกเป็นหลายนิกาย นิกายที่สำคัญมี ๕ นิกาย ดังนี้
๑.นิกายเทนได (เทียนไท้) พระไชโจ (เด็งกะโยไดชิ) เป็นผู้ตั้งมีหลักคำสอนเป็นหลักธรรมชั้นสูงส่งเสริมให้บูชาพระพุทธเจ้าองค์ปัจจุบันและพระโพธิสัตว์
๒.นิกายชินงอน พระกุไกเป็นผู้ตั้งในเวลาใกล้เคียงกับนิกายเทนได มีหลักคำสอนตามนิกายตันตระ สอนให้คนบรรลุโพธิญาณด้วยการสวดมนต์อ้อนวอนถือคัมภีร์มหาไวโรจนสูตรเป็นสำคัญ
๓. นิกายโจโด (สุขาวดี) โฮเนนเป็นผู้ตั้งเมื่อ พ.ศ.๑๗๑๘ นิกายนี้สอนว่าสุขวดีเป็นแดนอมตสุขผู้จะไปถึงได้ด้วยออกพระนามพระอมิตาภพุทธะนิกายนี้มีนิกายย่อยอีกมาก เช่น โจโดชิน (สุขาวดีแท้) ตั้งโดยชินแรน มีคติว่า ฮิโชฮิโชกุ ไม่มีพระไม่มีฆราวาส ทำให้พระในนิกายนี้มีภรรยาได้ ฉันเนื้อได้ มีความเป็นอยู่คล้ายฆราวาส
๔. นิกายเซน (ชยาน หรือ ฌาน) นิกายนี้ถือว่า ทุกคนมีธาตุพุทธะอยู่ในตัว ทำอย่างไรจึงจะให้ธาตุพุทธะนี้ปรากฏออกมาได้ โดยความสามารถของตัวเอง สอนให้ดำเนินชีวิตอย่างง่าย ให้เข้าถึงโพธิญาณอย่างฉับพลัน นิกายนี้คนชั้นสูงและพวกนักรบนิยมมาก เป็นต้นกำเนิดของลัทธิบูชิโด นับถือพระโพธิธรรมผู้เผยแพร่ในประเทศจีน
๕.นิกายนิชิเรน นิชิเรนเป็นผู้ตั้ง นับถือสัทธรรมปุณฑริกสูตรอย่างเดียว โดยภาวนาว่า นะมึ เมียว โพเรงเงเกียว (นโม สทฺธมฺมปุณฺฑริก สุตฺตสฺส ขอนอบน้อมแด่ สัมธรรม ปุณฑริกสูตร) เมื่อเปล่งคำนี้ออกมาด้วยความรู้สึกว่ามีตัวธาตุพุทธะอยู่ในใจก็บรรลุโพธิได้
หลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ มีนักการศึกษามากมายพยายามเชื่อมประสานพระพุทธศาสนานิกายต่างๆ เข้าด้วยกัน โดยจัดตั้งเป็นองค์การขึ้น องค์การสื่อสารสัมพันธฺระหว่างชาวพุทธที่ใหญ่ที่สุด คือพุทธศาสนิกสัมพันธ์แห่งญี่ปุ่น ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒๓ สิงหาคม ๒๕๐๐มีสำนักงานอยู่ที่วัดชุกิจิ ฮองวันจิ กิจการทางพุทธศาสนาที่สำคัญและมีจุดเด่นก้าวหน้าที่สุดของญี่ปุ่น คือการจัดการศึกษา ซึ่งพระพุทธศาสนานิกายต่างๆ จะมีมหาวิทยาลัย วิทยาลัย โรงเรียนระดับมัธยมและในด้านความเป็นอยู่ของพระสงฆ์ในปัจจุบันนี้ พระส่วนใหญ่จะมีครอบครัวได้ ยกเว้นพระระดับเจ้าอาวาสจะมีครอบครัวไม่ได้และตำแหน่งพระยังสืบทอดเป็นมรดกแก่บุตรคนโตได้ด้วย ประเทศญี่ปุ่นในปัจจุบันเป็นประเทศมหาอำนาจทางเศรษฐกิจ ประชาชนดำเนินชีวิตด้วยความเร่งรีบเพราะมีการแข่งขันกันมาก ทำให้มีความเครียดและมีปัญหาด้านสุขภาพจิต เป็นโรคประสาท โรคจิต และสถิติการฆ่าตัวตายสูงมาก สิ่งที่จะช่วยบรรเทาความเครียดได้ ก็คือการปฏิบัติตามหลักธรรมในพระพุทธศาสนา เนื่องจากญี่ปุ่นชอบความเร็วให้ได้ผลทันใจ พระพุทธศาสนานิกายเซนจึงเป็นที่นิยม และมีการสร้างนิกายใหม่ๆ หรือลัทธิใหม่ๆ ที่ปฏิบัติได้ผลรวดเร็วอีกมาก คนญี่ปุ่นส่วนหนึ่งไม่นับถือศาสนาใดเลยแต่ยึดถือลัทธิการเมืองตามความชอบใจของตน