เมื่อ พ.ศ. 400 เศษ รัชสมัยของพระเจ้าวัฏฏคามนีอภัย ได้มีพวกทมิฬเข้ามาตีและเข้าครองอนุราธปุระเป็นเวลา 14 ปี จนพระองค์ต้องเสียราชบัลลังก์ เสด็จลี้ภัยไปซ่องสุมกำลัง ระหว่างนั้นทรงได้รับการอุปถัมภ์จากพระมหาติสสะ ต่อมากลับมาครองราชย์อีกครั้ง ได้ทรงให้ทำการสังคายนา และได้ทำการจารึกพระพุทธพจน์ลงในใบลานเป็นครั้งแรก ได้อุปถัมภ์พระมหาติสสะ พร้อมได้สร้างวัดถวาย คือวัด อภัยคีรีวิหาร จนทำให้พระภิกษุชาวมหาวิหารไม่พอใจ จนเป็นเหตุให้คณะสงฆ์แตกออกเป็น 2 คณะ คือ คณะมหาวิหาร กับคณะอภัยคีรีวิหาร ตั้งแต่นั้นมาคณะสงฆ์ลังกาได้แตกออกเป็น 2 กลุ่มใหญ่ แต่ยังเป็นนิกายเถรวาท มีลักษณะต่างกันคือ คณะมหาวิหาร ฝ่ายอนุรักษนิยม ไม่มีการเปลี่ยนแปลงแก้ไขพระธรรมวินัยใด ๆ และยังตำหนิรังเกียจภิกษุต่างนิกายว่าเป็นอลัชชี คณะอภัยคีรีวิหาร เป็นคณะที่เปิดกว้าง ยอมรับเอาความคิดเห็นต่างนิกาย ไม่รังเกียจภิกษุต่างนิกาย ระหว่างพุทธศตวรรษที่ 12 ถึง พุทธศตวรรษที่ 1717 เป็นยุคที่ลังกาเดือดร้อนวุ่นวายเพราะการรุกรานจากอินเดียบ้าง ความไม่สงบภายในบ้าง ในระหว่างยุคนี้เองที่ภิกษุณีสงฆ์สูญสิ้น และพระภิกษุสงฆ์เสื่อม จนกระทั่งเมื่อพระเจ้าวิชัยพาหุที่ 1 มีพระราชประสงค์จะฟื้นฟูศาสนาในปี พ.ศ. 1609 ทรงหาพระภิกษุที่อุปสมบทถูกต้องแทบไม่ครบ 5 รูป และต้องทรงอาราธนาพระสงฆ์จากพม่าตอนใต้มากระทำอุปสมบทกรรมในลังกา
เมื่อ พ.ศ. 1697 - พ.ศ. 1730 พระเจ้าปรากรมพาหุที่ 1 (เป็นพระโอรสของพระเจ้าวิชัยพาหุที่ 1) ทรงเป็นมหาราชที่สำคัญที่สุดองค์หนึ่งของลังกา ทรงปกครองบ้านเมืองได้สงบเรียบร้อย ในด้านการพระศาสนาทรงชำระการพระศาสนาให้บริสุทธิ์ ยังคณะสงฆ์ให้รวมเข้าเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันได้อีกครั้งหนึ่ง พระมหากษัตริย์ทรงสถาปนาสมเด็จพระสังฆราช ปกครองสงฆ์ทั้งประเทศเป็นครั้งแรก ทรงสร้างวัดวาอาราม เป็นยุคที่มีศิลปกรรมงดงามเพื่อให้สงบสุขและลังการได้กลายเป็นศูนย์กลางการศึกษาพระพุทธศาสนา ปรากฏเกียรติคุณแพร่ไปทั่ว มีพระสงฆ์และนักปราชญ์เดินทางจากประเทศใกล้เคียง เพื่อมาศึกษาพระพุทธศาสนาในลังกา แล้วนำไปเผยแพร่ในประเทศของตนเป็นอันมาก พระพุทธศาสนาได้เจริญรุ่งเรืองอยู่ระยะหนึ่ง แต่ภายหลังรัชกาลนี้แล้วพวกทมิฬจากอินเดียก็มารุกรานอีกและได้เข้าตั้งถิ่นฐานมั่นคงขยายอาณาเขตออกไปเรื่อย ๆ
อาณาจักรสิงหลต้องถอยร่นทางใต้ ต้องย้ายเมืองหลวงอยู่บ่อย ๆ ทำให้พระพุทธศาสนาเจริญได้ยาก นอกจากจะเพียงธำรงรักษาความมั่นคงเข้มแข็งไว้เท่านั้นเหตุการณ์สำคัญครั้งหนึ่ง คือ ใน พ.ศ. 2019 พระภิกษุคณะหนึ่งจากพม่า ได้มารับการอุปสมบทกรรมที่ลังกาและนำคัมภีร์ภาษาบาลีเท่าที่มีอยู่ไปยังพม่าโดยครบถ้วนเมื่อประมาณ พ.ศ. 2050