เมื่อ พ.ศ. ๔๐๐ เศษ รัชสมัยของพระเจ้าวัฏฏคามนีอภัย ได้มีพวกทมิฬ เข้ามาตีและเข้าครองอนุราธปุระ เป็นเวลา ๑๔ ปี จนพระองค์ต้องเสียราชบัลลังก์ เสด็จลี้ภัยไปซ่องสุมกำลัง ระหว่างนั้นทรงได้รับการอุปถัมภ์จากพระมหาติสสะ ต่อมากลับมาครองราชย์อีกครั้ง ได้ทรงให้ทำการสังคายนา และได้ทำการจารึกพระพุทธพจน์ลงในใบลานเป็นครั้งแรก ได้อุปถัมภ์พระมหาติสสะ พร้อมได้สร้างวัดถวาย คือวัดอภัยคีรีวิหาร จนทำให้พระภิกษุชาวมหาวิหารไม่พอใจ จนเป็นเหตุให้คณะสงฆ์แตกออกเป็น ๒ คณะ คือคณะมหาวิหาร กับคณะอภัยคีรีวิหาร ตั้งแต่นั้นมาคณะสงฆ์ลังกาได้แตกออกเป็น ๒ กลุ่มใหญ่ แต่ยังเป็นนิกายเถรวาท มีลักษณะต่างกันคือ
คณะมหาวิหาร ฝ่ายอนุรักษนิยม ไม่มีการเปลี่ยนแปลงแก้ไขพระธรรมวินัยใดๆ และยังตำหนิรังเกียจภิกษุต่างนิกายว่าเป็นอลัชชี คณะอภัยคีรีวิหาร เป็นคณะที่เปิดกว้าง ยอมรับเอาความคิดเห็นต่างนิกาย ไม่รังเกียจภิกษุต่างนิกาย
เมื่อ พ.ศ. ๙๕๖ พระพุทธโฆสะ ในประเทศไทยมักเรียกว่าพระพุทธโฆษาจารย์ เดินทางจากอินเดียมายังศรีลังกา เพื่อปริวรรตคัมภีร์อรรถกถาพระไตรปิฏกภาษาสิงหลเป็นภาษามคธ เพื่อนำกลับไปยังชมพูทวีป ท่านเป็นพระอรรถกถาจารย์ในนิกายเถรวาทผู้มีชีวิตอยู่ราวพุทธศตวรรษที่ ๑๐ เป็นผู้แต่งคัมภีร์หลายเล่ม ที่เป็นที่รู้จักมากที่สุดคือคัมภีร์วิสุทธิมรรค ซึ่งรวบรวมแนวคำสอนเกี่ยวกับการปฏิบัติธรรมเพื่อการหลุดพ้นจากทุกข์ การตีความคำสอนในพระพุทธศาสนาของท่านถือเป็นแนวคิดที่ใช้เป็นหลักในนิกายเถรวาทในปัจจุบัน ทั้งนักวิชาการตะวันตกและชาวพุทธเถรวาทต่างยอมรับว่าท่านเป็นอรรถกถาจารย์ที่สำคัญที่สุดในนิกายเถรวาท ระหว่างพุทธศตวรรษที่ ๑๒ ถึง พุทธศตวรรษที่ ๑๗ เป็นยุคที่ลังกาเดือดร้อนวุ่นวายเพราะการรุกรานจากอินเดียบ้าง ความไม่สงบภายในบ้าง ในระหว่างยุคนี้เองที่ภิกษุณีสงฆ์สูญสิ้น และพระภิกษุสงฆ์เสื่อม จนกระทั่งเมื่อพระเจ้าวิชัยพาหุที่ ๑ มีพระราชประสงค์จะฟื้นฟูศาสนาพุทธในปี พ.ศ. ๑๖๐๙ ทรงหาพระภิกษุที่อุปสมบทถูกต้องแทบไม่ครบ ๕ รูป และต้องทรงอาราธนาพระสงฆ์จากพม่าตอนใต้มากระทำอุปสมบทกรรมในลังกา