ชนชาติโปรตุเกสได้เข้ามาค้าขาย และถือโอกาสรุกรานชาวสิงหลขณะที่กำลังอยู่ในความวุ่นวาย พวกโปรตุเกสก็ได้ดินแดนบางส่วนไว้ครอบครอง และพยายามบีบบังคับประชาชนที่อยู่ใต้ปกครองให้นับถือศาสนาคริสต์ นิกายคาทอลิก คราวหนึ่งถึงกับยึดอำนาจกษัตริย์ได้ ทำให้ศาสนาพุทธกลับเสื่อมถอยลง จนถึงกับต้องนิมนต์พระสงฆ์จากประเทศพม่ามาให้การอุปสมบทแก่กุลบุตรชาวลังกา ต่อมาชาวฮอลันดาได้เข้ามาค้าขายในลังกาและได้ช่วยชาวลังกาขับไล่พวกโปรตุเกสได้ในปี พ.ศ. ๒๒๐๐ แล้วฮอลันดาก็เข้ายึดครองพื้นที่ที่ยึดได้ และนำเอาคริสต์ศาสนามาเผยแผ่ พยายามกีดกันพระพุทธศาสนา แต่ไม่สำเร็จ สถานการณ์ศาสนาพุทธในขณะนั้นย่ำแย่ลงมาก เพราะนอกจากจะเกิดการแก่งแย่งกันเองแล้ว ศาสนาพุทธยังถูกกดขี่จากพวกโปรตุเกสและฮอลันดา ประชาชนไม่น้อยก็ไปเข้ารีตกับศาสนาคริสต์ พวกชาวพุทธในใจกลางเกาะ มัวแต่รบราฆ่าฟันกัน ศาสนาพุทธขาดผู้อุปถัมภ์และยังเกิดวิกฤตการณ์ข้าวยากหมากแพงอย่างรุนแรง จนพระภิกษุสงฆ์ต้องทิ้งวัดวาอาราม จนไม่มีพระภิกษุหลงเหลืออยู่เลย คงมีสามเณรเหลืออยู่บ้าง โดยมีสามเณรสรณังกร เป็นผู้ดูแลคณะสามเณรที่เหลืออยู่