พระพุทธศาสนาเข้าสู่ประเทศเนปาลทางประเทศอินเดีย แต่เดิมนั้นประเทศเนปาลเป็นส่วนหนึ่งของประเทศอินเดีย สถานที่ประสูติของพระพุทธเจ้าคือสวนลุมพินีอยู่ในเขตประเทศเนปาลปัจจุบันในสมัยพุทธกาลภาย หลังจากที่พระพุทธเจ้าปรินิพพาน พระอานนท์ไปเผยแผ่พระศาสนาในบริเวณนั้น ในสมัยพระเจ้าอโศกมหาราชได้ทรงสร้างวัดและเจดีย์หลายแห่งซึ่งคงปรากฏอยู่ที่นครกาฐมาณฑุในปัจจุบันต่อมาในสมัยที่ชาวมุสลิมเข้ารุกรานแคว้นพิหาร และเบงกอล ในประเทศอินเดีย พระภิกษุจากอินเดียต้องหลบหนีภัยเข้าไปอาศัยอยู่ในเนปาล ซึ่งพระภิกษุเหล่านั้นได้นำคัมภีร์อันมีค่าไปด้วยและมีการเก็บรักษาไว้เป็นอย่างดีจนถึงทุกวันนี้ และเมื่อมหาวิทยาลัยนาลันทา(อินเดีย) ถูกทำลายทำให้พระพุทธศาสนาเสื่อมสูญไปจากอินเดีย ส่งผลให้พระ พุทธศาสนาในเนปาลเสื่อมลงด้วย คุณลักษณะพิเศษที่เป็นเครื่องหมายประจำพระพุทธศาสนา เช่น ชีวิตพระสงฆ์ในวัด การต่อต้านการถือวรรณะ การปลดเปลื้องความเชื่อถือไสยศาสตร์ต่าง ๆ เป็นต้น ก็เลือนหายไป พระพุทธศาสนาในเนปาลยุคแรกเป็นพระพุทธศาสนาแบบดั้งเดิมหรือแบบเถรวาท ต่อมาเถรวาทเสื่อมสูญไปเนปาลกลายเป็นศูนย์กลางของพระพุทธศาสนามหายานนิกายตันตระซึ่งใช้คาถาอาคมและพิธีกรรมแบบไสยศาสตร์ นอกจากนี้มีนิกายพุทธปรัชญาสำนักใหญ่ ๆ เกิดขึ้นอีก 4 นิกาย คือ สวาภาวิภะ ไอศวริกะ การมิกะ และยาตริกะ แต่ละนิกายก็ยังแยกเป็นสาขา พระพุทธศาสนาเนปาลในปัจจุบัน ได้มีการฟื้นฟูพระพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาทขึ้น โดยส่งภิกษุสามเณรไปศึกษาในประเทศที่นับถือพระพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาท เช่น ไทย พม่า ศรีลังกา โดยเฉพาะในประเทศไทย ภิกษุสามเณรชาวเนปาล ได้บรรพชาและอุปสมบทแบบเถรวาทได้มาศึกษาปริยัติธรรม และศึกษาในมหาวิทยาลัยสงฆ์ 2 แห่ง คือ มหามกุฏราชวิทยาลัย และมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย นอกจากนี้คณะสงฆ์เนปาลได้กราบทูลเชิญเสด็จสมเด็จพระญาณสังวร(สมเด็จพระสังฆราช) ให้บรรพชาอุปสมบทแก่กุลบุตรชาวเนปาล ณ กรุงกาฐมาณฑุ พร้อมทั้งทรงแสดงพระธรรมเทศนาโปรดชาวเนปาล