เริ่มต้นขึ้นช่วงพุทธศตวรรษที่ ๑๑-๑๓ เมื่อจักรพรรดิเกาหลีมีพระประสงค์จะเจริญสัมพันธไมตรีกับญี่ปุ่น จึงส่งคณะทูภนำพระพุทธรูปและคัมภีร์ทางพระพุทธศาสนาไปถวายแก่จักรพรรดิญี่ปุ่น แต่ประชาชนส่วนใหญ่ยังคงให้ความเลื่อมใสศาสนาชินโตอันเป็นศาสนาตั้งเดิมของบรรพชนญี่ปุ่น พระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นมีความเจริญรุ่งเรืองขึ้นตามลำดับโดยเริ่มเป็นที่นิยมนับถือกันในหมู่ชนชั้นสูงก่อนแล้วค่อยแพร่หลายออกไปในหมู่ประชาชน เริ่มจากต้นพุทธศตวรรษที่ ๑๒ เป็นต้นมาเมื่อเจ้าชายโซโตกุผู้สำเร็จราชการของจักรพรรดินีซูอิโกะได้ทรงเป็นพุทธศาสนิกชนที่ดี ทรงเอาใจใส่ทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาในทุกด้านและประกาศพระพุทธศาสนาเป็นศาสนาประจำชาติ ในยุคนี้จึงได้รับการขนานนามว่าเป็นยุค สัทธรรมไพโรจน์ส่งผลให้พระพุทธศาสนานิกายมหายานเจริญมั่นคงสืบมาจนถึงปัจจุบัน ในปลายพุทธศตวรรษที่ ๑๔ ญี่ปุ่นได้ปรับบทบาทของพระพุทธศาสนาให้สอดคล้องกับสภาวการณ์ของประเทศ ส่งผลให้เกิดนิกายทางพระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นขึ้น ๓ นิกายหลัก และเป็นที่เลื่อมใสนับถือกันมาจนถึงปัจจุบัน คือ นิกายโจโตหรือนิกายสุขาวดี นิกายเซน และนิกายนิซิเรน กว่างโดยสรุปพระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นเจริญรุ่งเรืองและเสื่อมลงในบางยุคสมัยเมื่อได้รับผลกระทบจากเหตุการณ์ทางการเมืองปกครอง จนภายหลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ พระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นได้รับการฟื้นฟูอีกครั้งมีการส่งเสริมการศึกษา และการวิจัยทางพระพุทธศาสนา แปลและจัดพิมพ์พระไตรปิฎกจากภาษาจีน ทิเบต เกาหลีเป็นภาษาญี่ปุ่นมีการจัดตั้งองค์กรทางพระพุทธศาสนาเพ่อเผยแผ่และสืบต่อพระพุทธศาสนากับประเทศต่างๆ รวมทั้งได้ก่อตั้งคณะพุทธศาสน์ขึ้นในมหาวิทยาลัยเพื่อจัดการเรียนการสอนทางด้านพระพุทธศาสนาเป็นการเฉพาะอีกด้วย