พระพุทธศาสนาเข้าสู่ ประเทศญี่ปุ่นเมื่อ พ.ศ.๑๐๙๕ ในรัชกาลพระเจ้ากินเมอิ (จักรพรรดิองค์ที่ ๒๙ ของญี่ปุ่น) โดยคณะทูตของพระเจ้าซองวัง แห่งเกาหลี ได้เดินทางไปญี่ปุ่น พร้อมด้วยพระพุทธรูป ธง คัมภร์พุทธธรรม พระเจ้ากินเมอิ ทรงยอมรับนับถือพระพุทธศาสนา จึงทำให้พระพุทธศาสนาเจริญในสมัยนี้ แต่เมื่อพระองค์สิ้นพระชนม์ พระพุทธศาสนาก็เสื่อมโทรมลง จนถึงสมัยเจ้าโชโตกุ (พ.ศ.๑๑๓๕) พระองค์ได้ประกาศ พระราชโอการเชิดชูพระรัตนตรัย อันเป็นพระราชโองการพระจักรพรรดิที่ยกย่องพระพุทธศาสนา ทำให้พระพุทธศาสนาเจริญรุ่งเรื่องอย่างมั่นคง มรการสร้างวัดและสำนักปฏิบัติธรรมเป็นอันมาก ยุคนี้ได้ชื่อว่า ยุคโฮโก (ยุคสัทธรรมไพโรจน์) เจ้าชายโชโตกุ ได้ทรงประกาศธรรมนูญ ๑๗ มาตรา ซึ่งเป็นธรรมนูญที่ประกาศหลักสามัคคีธรรมของสังคมด้วยการเคารพเชื่อถือพระรัตนตรัย เมื่อสิ้นรัชกาลเจ้าชายโชโตกุ (พ.ศ.๑๑๖๕) พระพุทธศาสนาแบ่งเป็นหลายนิกาย และเริ่มเสื่อมลง จนถึงยุคเมจิ พระพุทธศาสนายิ่งเสื่อมลงไปอีก เพราะลัทธิชินโตได้รับความนิยมนับถือแทนพระพุทธศาสนา นอกจากนั้นศาสนาคริสต์ ก็เริ่มเผยแผ่เข้ามาในญี่ปุ่น ส่วนหน้าที่ในการประกอบพิธีกรรมอันศักดิ์สิทธิ์นั้น พระสงฆ์แต่ละนิกายก็ยังคงจัดพิธีกรรมเป็นประเพณีตามนิกายของตน

ปัจจุบันชาวญี่ปุ่นนับถือพระพุทธศาสนาควบคู่ไปกับลัทธืชินโต พระพุทธศาสนาแบ่งออกเป็นหลายนิกาย หลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ มีนักการศึกษามากมายพยายามเชื่อมประสานพระพุทธศาสนานิกายต่างๆเข้าด้วยกัน โดยจัดตั้งเป็นองค์การขึ้น องค์การที่ใหญ่ที่สุด คือ พุทธศาสนิกสัมพันธ์แห่งญี่ปุ่น กิจการทางพระพุทธศาสนาที่สำคัญและก้าวหน้าที่สุดของญี่ปุ่น คือ การจัดการศึกษา ซึ่งพระพุทธศาสนานิกายต่างๆ จะมีมหาวิทยาลัย วิทยาลัย และโรงเรียนระดับมัธยมศึกษา